| Прем’єр Ліга | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Зеніт Санкт-Петербург | 27 | 20 | 5 | 2 | 58 | 15 | 43 | 65 |
| 2 | Локомотив Москва | 27 | 14 | 8 | 5 | 37 | 27 | 10 | 50 |
| 3 | ЦСКА Москва | 27 | 13 | 7 | 7 | 39 | 26 | 13 | 46 |
| 4 | ФК Краснодар | 26 | 12 | 9 | 5 | 42 | 28 | 14 | 45 |
| 5 | Ростов | 27 | 12 | 7 | 8 | 44 | 48 | -4 | 43 |
| 6 | ФК Уфа | 27 | 8 | 12 | 7 | 21 | 22 | -1 | 36 |
| 7 | Урал | 27 | 9 | 8 | 10 | 35 | 46 | -11 | 35 |
| 8 | Спартак Москва | 27 | 9 | 6 | 12 | 30 | 31 | -1 | 33 |
| 9 | Рубін Казань | 27 | 8 | 9 | 10 | 16 | 25 | -9 | 33 |
| 10 | Динамо Москва | 26 | 8 | 8 | 10 | 22 | 29 | -7 | 32 |
| 11 | Арсенал Тула | 27 | 9 | 4 | 14 | 32 | 39 | -7 | 31 |
| 12 | Сочі | 27 | 7 | 9 | 11 | 39 | 33 | 6 | 30 |
| 13 | Ахмат Грозний | 27 | 7 | 9 | 11 | 26 | 38 | -12 | 30 |
| 14 | ФК Тамбов | 27 | 8 | 4 | 15 | 33 | 37 | -4 | 28 |
| 15 | Крилья Совєтов Самара | 27 | 7 | 6 | 14 | 30 | 38 | -8 | 27 |
| 16 | Оренбург | 27 | 6 | 5 | 16 | 26 | 48 | -22 | 23 |
| Перший дивізіон | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | ФК Ротор Волгоград | 27 | 17 | 5 | 5 | 41 | 21 | 20 | 56 |
| 2 | ФК Хімки | 27 | 16 | 6 | 5 | 50 | 19 | 31 | 54 |
| 3 | ФК Чертаново Москва | 27 | 15 | 9 | 3 | 37 | 19 | 18 | 54 |
| 4 | Торпедо Москва | 27 | 16 | 5 | 6 | 39 | 25 | 14 | 53 |
| 5 | ФК Нафтохімік Нижньокамськ | 27 | 13 | 9 | 5 | 38 | 25 | 13 | 48 |
| 6 | ФК Балтика Калінінград | 27 | 12 | 7 | 8 | 34 | 23 | 11 | 43 |
| 7 | ФК Ска-Хабаровськ | 27 | 12 | 7 | 8 | 42 | 30 | 12 | 43 |
| 8 | Шинник Ярославль | 27 | 12 | 7 | 8 | 43 | 35 | 8 | 43 |
| 9 | Томь | 27 | 10 | 9 | 8 | 32 | 26 | 6 | 39 |
| 10 | Чайка Песчанокопское | 27 | 10 | 8 | 9 | 31 | 29 | 2 | 38 |
| 11 | ФК Нижній Новгород | 27 | 9 | 9 | 9 | 28 | 29 | -1 | 36 |
| 12 | ФК Армавір | 27 | 7 | 9 | 11 | 23 | 29 | -6 | 30 |
| 13 | ФК Авангард Курськ | 27 | 5 | 14 | 8 | 29 | 39 | -10 | 29 |
| 14 | ФК Єнісей Красноярськ | 27 | 7 | 7 | 13 | 23 | 40 | -17 | 28 |
| 15 | ФК Краснодар-2 | 27 | 6 | 10 | 11 | 32 | 34 | -2 | 28 |
| 16 | ФК Луч Владивосток | 27 | 6 | 9 | 12 | 28 | 40 | -12 | 27 |
| 17 | ФК Спартак-2 Москва | 27 | 6 | 8 | 13 | 38 | 45 | -7 | 26 |
| 18 | Текстильник Іваново | 27 | 5 | 4 | 18 | 25 | 52 | -27 | 19 |
| 19 | Факел Воронеж | 27 | 4 | 7 | 16 | 14 | 44 | -30 | 19 |
| 20 | ФК Мордовія | 27 | 4 | 7 | 16 | 21 | 44 | -23 | 19 |
| Другий дивізіон - Захід | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Велес Москва | 16 | 11 | 3 | 2 | 34 | 13 | 21 | 36 |
| 2 | ФК Долгопрудний | 17 | 11 | 2 | 4 | 29 | 16 | 13 | 35 |
| 3 | Зеніт Санкт-Петербург II | 17 | 9 | 5 | 3 | 30 | 14 | 16 | 32 |
| 4 | Торпедо Володимир | 17 | 8 | 6 | 3 | 23 | 17 | 6 | 30 |
| 5 | Ленінградець | 17 | 7 | 7 | 3 | 27 | 20 | 7 | 28 |
| 6 | Олімп Химки | 16 | 7 | 5 | 4 | 18 | 15 | 3 | 26 |
| 7 | Муром | 16 | 7 | 3 | 6 | 31 | 23 | 8 | 24 |
| 8 | Родіна | 17 | 6 | 4 | 7 | 27 | 31 | -4 | 22 |
| 9 | Псков 747 | 16 | 6 | 3 | 7 | 15 | 26 | -11 | 21 |
| 10 | Казанка Москва | 16 | 4 | 5 | 7 | 26 | 27 | -1 | 17 |
| 11 | Знамя | 17 | 3 | 6 | 8 | 14 | 23 | -9 | 15 |
| 12 | Коломна | 17 | 4 | 3 | 10 | 15 | 24 | -9 | 15 |
| 13 | Луки-Энергия | 16 | 3 | 4 | 9 | 15 | 29 | -14 | 13 |
| 14 | Зірка Санкт-Петербург | 17 | 2 | 0 | 15 | 9 | 35 | -26 | 6 |
| Другий дивізіон - Схід | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Іртиш | 11 | 9 | 2 | 0 | 21 | 4 | 17 | 29 |
| 2 | Сахалін | 12 | 5 | 3 | 4 | 15 | 16 | -1 | 18 |
| 3 | Новосибірський ФК | 12 | 5 | 2 | 5 | 16 | 16 | 0 | 17 |
| 4 | ФК Чита | 12 | 4 | 3 | 5 | 13 | 12 | 1 | 15 |
| 5 | Динамо Барнаул | 11 | 3 | 2 | 6 | 8 | 15 | -7 | 11 |
| 6 | ФК Зеніт-Радіан Іркутськ | 12 | 3 | 0 | 9 | 6 | 16 | -10 | 9 |
| Другий дивізіон - Південь | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | ФК Волгарь | 19 | 16 | 2 | 1 | 45 | 7 | 38 | 50 |
| 2 | Аланія | 19 | 15 | 1 | 3 | 54 | 13 | 41 | 46 |
| 3 | Дружба | 19 | 10 | 4 | 5 | 29 | 26 | 3 | 34 |
| 4 | Чорноморець | 19 | 10 | 3 | 6 | 40 | 22 | 18 | 33 |
| 5 | Легіон Динамо | 19 | 7 | 6 | 6 | 18 | 21 | -3 | 27 |
| 6 | Динамо Ставрополь | 19 | 8 | 3 | 8 | 31 | 25 | 6 | 27 |
| 7 | ФК Махачкала | 19 | 7 | 5 | 7 | 19 | 24 | -5 | 26 |
| 8 | СКА Ростов-на-Дону | 19 | 7 | 5 | 7 | 25 | 25 | 0 | 26 |
| 9 | Біолог-Новокубанск | 19 | 7 | 5 | 7 | 20 | 22 | -2 | 26 |
| 10 | Машук-КМВ | 19 | 6 | 6 | 7 | 22 | 17 | 5 | 24 |
| 11 | Урожай | 19 | 5 | 5 | 9 | 22 | 37 | -15 | 20 |
| 12 | Інтер Черкеськ | 19 | 5 | 5 | 9 | 24 | 38 | -14 | 20 |
| 13 | Спартак Нальчик | 19 | 4 | 7 | 8 | 18 | 37 | -19 | 19 |
| 14 | Краснодар 3 | 19 | 5 | 3 | 11 | 19 | 38 | -19 | 18 |
| 15 | Анжи Махачкала | 19 | 3 | 7 | 9 | 24 | 32 | -8 | 10 |
| 16 | Спартак Владикавказ | 19 | 1 | 5 | 13 | 14 | 40 | -26 | 8 |
| Другий дивізіон - Центр | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Динамо Брянськ | 17 | 12 | 3 | 2 | 28 | 11 | 17 | 39 |
| 2 | Металург Липецьк | 17 | 11 | 4 | 2 | 30 | 9 | 21 | 37 |
| 3 | Сокол Саратов | 17 | 11 | 4 | 2 | 37 | 10 | 27 | 37 |
| 4 | Салют Білгород | 17 | 8 | 2 | 7 | 23 | 23 | 0 | 26 |
| 5 | Хімік-Арсенал | 17 | 7 | 5 | 5 | 27 | 20 | 7 | 26 |
| 6 | ФК Рязань | 17 | 6 | 6 | 5 | 29 | 26 | 3 | 24 |
| 7 | Зорки Красногорськ | 16 | 7 | 2 | 7 | 31 | 32 | -1 | 23 |
| 8 | Арарат Москва | 17 | 7 | 2 | 8 | 34 | 36 | -2 | 23 |
| 9 | Калуга | 17 | 6 | 4 | 7 | 24 | 23 | 1 | 22 |
| 10 | Сатурн Раменське | 17 | 5 | 7 | 5 | 32 | 32 | 0 | 22 |
| 11 | Хімки 2 | 17 | 5 | 3 | 9 | 23 | 32 | -9 | 18 |
| 12 | Строгіно | 17 | 5 | 2 | 10 | 15 | 28 | -13 | 17 |
| 13 | Квант Обнінськ | 17 | 2 | 2 | 13 | 8 | 40 | -32 | 8 |
| 14 | Ротор Волгоград II | 16 | 2 | 2 | 12 | 14 | 33 | -19 | 8 |
| Другий дивізіон - Урал-Приволжжя | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Акрон Тольятті | 17 | 12 | 2 | 3 | 29 | 16 | 13 | 38 |
| 2 | ФК Челябінськ | 17 | 11 | 3 | 3 | 34 | 17 | 17 | 36 |
| 3 | Урал II | 17 | 11 | 2 | 4 | 34 | 16 | 18 | 35 |
| 4 | Камаз | 17 | 10 | 2 | 5 | 37 | 23 | 14 | 32 |
| 5 | Лада СОК | 17 | 7 | 3 | 7 | 19 | 18 | 1 | 24 |
| 6 | Носта | 17 | 6 | 4 | 7 | 23 | 26 | -3 | 22 |
| 7 | Звєзда Перм | 17 | 6 | 4 | 7 | 20 | 20 | 0 | 22 |
| 8 | Волга Ульяновськ | 17 | 6 | 2 | 9 | 19 | 26 | -7 | 20 |
| 9 | Зеніт Іжевськ | 17 | 5 | 3 | 9 | 27 | 27 | 0 | 18 |
| 10 | Тюмень | 17 | 7 | 5 | 5 | 25 | 21 | 4 | 14 |
| 11 | Лада Тольятті | 17 | 3 | 1 | 13 | 12 | 47 | -35 | 10 |
| 12 | ФК Уфа II | 17 | 1 | 3 | 13 | 17 | 39 | -22 | 6 |