| Прем’єр Ліга | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Зеніт Санкт-Петербург | 26 | 16 | 7 | 3 | 59 | 24 | 35 | 55 |
| 2 | Локомотив Москва | 26 | 15 | 4 | 7 | 38 | 27 | 11 | 49 |
| 3 | Спартак Москва | 25 | 14 | 5 | 6 | 49 | 30 | 19 | 47 |
| 4 | Рубін Казань | 26 | 14 | 4 | 8 | 35 | 29 | 6 | 46 |
| 5 | ЦСКА Москва | 25 | 14 | 4 | 7 | 44 | 25 | 19 | 46 |
| 6 | Динамо Москва | 26 | 14 | 4 | 8 | 41 | 28 | 13 | 46 |
| 7 | Сочі | 25 | 11 | 7 | 7 | 39 | 28 | 11 | 40 |
| 8 | Химки | 26 | 11 | 5 | 10 | 32 | 37 | -5 | 38 |
| 9 | Ростов | 26 | 11 | 4 | 11 | 33 | 31 | 2 | 37 |
| 10 | Ахмат | 26 | 10 | 5 | 11 | 30 | 33 | -3 | 35 |
| 11 | ФК Краснодар | 26 | 10 | 5 | 11 | 46 | 38 | 8 | 35 |
| 12 | Урал | 26 | 6 | 12 | 8 | 24 | 33 | -9 | 30 |
| 13 | Арсенал Тула | 25 | 5 | 5 | 15 | 20 | 42 | -22 | 20 |
| 14 | ФК Ротор Волгоград | 26 | 4 | 6 | 16 | 12 | 43 | -31 | 18 |
| 15 | ФК Уфа | 25 | 4 | 5 | 16 | 18 | 41 | -23 | 17 |
| 16 | ФК Тамбов | 25 | 3 | 4 | 18 | 15 | 46 | -31 | 13 |
| Перший дивізіон | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Крилья Совєтов Самара | 36 | 27 | 4 | 5 | 82 | 22 | 60 | 85 |
| 2 | Нижній Новгород | 37 | 25 | 6 | 6 | 57 | 22 | 35 | 81 |
| 3 | Оренбург | 37 | 23 | 10 | 4 | 64 | 28 | 36 | 79 |
| 4 | Аланія | 37 | 19 | 10 | 8 | 67 | 35 | 32 | 67 |
| 5 | Торпедо Москва | 37 | 19 | 8 | 10 | 61 | 34 | 27 | 65 |
| 6 | Балтика | 37 | 19 | 7 | 11 | 41 | 31 | 10 | 64 |
| 7 | Нафтохімік | 37 | 17 | 9 | 11 | 56 | 39 | 17 | 60 |
| 8 | Велес Москва | 37 | 16 | 11 | 10 | 50 | 41 | 9 | 59 |
| 9 | Факел | 37 | 14 | 11 | 12 | 47 | 39 | 8 | 53 |
| 10 | ФК Єнісей Красноярськ | 37 | 16 | 5 | 16 | 43 | 48 | -5 | 53 |
| 11 | SKA-Khabarovsk | 37 | 15 | 8 | 14 | 45 | 40 | 5 | 53 |
| 12 | ФК Волгарь | 37 | 14 | 9 | 14 | 44 | 40 | 4 | 51 |
| 13 | Chayka | 37 | 12 | 10 | 15 | 39 | 48 | -9 | 46 |
| 14 | Текстильник | 37 | 11 | 11 | 15 | 28 | 42 | -14 | 44 |
| 15 | Спартак Москва II | 36 | 12 | 7 | 17 | 40 | 57 | -17 | 43 |
| 16 | ФК Краснодар II | 37 | 10 | 11 | 16 | 43 | 57 | -14 | 41 |
| 17 | Акрон Тольятті | 37 | 9 | 11 | 17 | 30 | 47 | -17 | 38 |
| 18 | Іртиш | 37 | 9 | 8 | 20 | 29 | 49 | -20 | 35 |
| 19 | Томь | 37 | 8 | 9 | 20 | 26 | 46 | -20 | 33 |
| 20 | Dinamo Briansk | 37 | 9 | 5 | 23 | 21 | 59 | -38 | 29 |
| 21 | Чертаново Москва | 37 | 7 | 4 | 26 | 27 | 68 | -41 | 25 |
| 22 | Шинник Ярославль | 37 | 4 | 8 | 25 | 33 | 81 | -48 | 20 |
| Другий дивізіон - Захід | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Велес Москва | 16 | 11 | 3 | 2 | 34 | 13 | 21 | 36 |
| 2 | ФК Долгопрудний | 17 | 11 | 2 | 4 | 29 | 16 | 13 | 35 |
| 3 | Зеніт Санкт-Петербург II | 17 | 9 | 5 | 3 | 30 | 14 | 16 | 32 |
| 4 | Торпедо Володимир | 17 | 8 | 6 | 3 | 23 | 17 | 6 | 30 |
| 5 | Ленінградець | 17 | 7 | 7 | 3 | 27 | 20 | 7 | 28 |
| 6 | Олімп Химки | 16 | 7 | 5 | 4 | 18 | 15 | 3 | 26 |
| 7 | Муром | 16 | 7 | 3 | 6 | 31 | 23 | 8 | 24 |
| 8 | Родіна | 17 | 6 | 4 | 7 | 27 | 31 | -4 | 22 |
| 9 | Псков 747 | 16 | 6 | 3 | 7 | 15 | 26 | -11 | 21 |
| 10 | Lokomotiv-Kazanka Moscow | 16 | 4 | 5 | 7 | 26 | 27 | -1 | 17 |
| 11 | Знамя | 17 | 3 | 6 | 8 | 14 | 23 | -9 | 15 |
| 12 | Коломна | 17 | 4 | 3 | 10 | 15 | 24 | -9 | 15 |
| 13 | Луки-Энергия | 16 | 3 | 4 | 9 | 15 | 29 | -14 | 13 |
| 14 | Зірка Санкт-Петербург | 17 | 2 | 0 | 15 | 9 | 35 | -26 | 6 |
| Другий дивізіон - Схід | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Іртиш | 11 | 9 | 2 | 0 | 21 | 4 | 17 | 29 |
| 2 | Сахалін | 12 | 5 | 3 | 4 | 15 | 16 | -1 | 18 |
| 3 | Новосибірський ФК | 12 | 5 | 2 | 5 | 16 | 16 | 0 | 17 |
| 4 | ФК Чита | 12 | 4 | 3 | 5 | 13 | 12 | 1 | 15 |
| 5 | Динамо Барнаул | 11 | 3 | 2 | 6 | 8 | 15 | -7 | 11 |
| 6 | ФК Зеніт-Радіан Іркутськ | 12 | 3 | 0 | 9 | 6 | 16 | -10 | 9 |
| Другий дивізіон - Південь | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | ФК Волгарь | 19 | 16 | 2 | 1 | 45 | 7 | 38 | 50 |
| 2 | Аланія | 19 | 15 | 1 | 3 | 54 | 13 | 41 | 46 |
| 3 | Дружба | 19 | 10 | 4 | 5 | 29 | 26 | 3 | 34 |
| 4 | Чорноморець | 19 | 10 | 3 | 6 | 40 | 22 | 18 | 33 |
| 5 | Легіон Динамо | 19 | 7 | 6 | 6 | 18 | 21 | -3 | 27 |
| 6 | Динамо Ставрополь | 19 | 8 | 3 | 8 | 31 | 25 | 6 | 27 |
| 7 | ФК Махачкала | 19 | 7 | 5 | 7 | 19 | 24 | -5 | 26 |
| 8 | СКА Ростов-на-Дону | 19 | 7 | 5 | 7 | 25 | 25 | 0 | 26 |
| 9 | Біолог-Новокубанск | 19 | 7 | 5 | 7 | 20 | 22 | -2 | 26 |
| 10 | Машук-КМВ | 19 | 6 | 6 | 7 | 22 | 17 | 5 | 24 |
| 11 | Урожай | 19 | 5 | 5 | 9 | 22 | 37 | -15 | 20 |
| 12 | Інтер Черкеськ | 19 | 5 | 5 | 9 | 24 | 38 | -14 | 20 |
| 13 | Спартак Нальчик | 19 | 4 | 7 | 8 | 18 | 37 | -19 | 19 |
| 14 | Краснодар 3 | 19 | 5 | 3 | 11 | 19 | 38 | -19 | 18 |
| 15 | Анжи Махачкала | 19 | 3 | 7 | 9 | 24 | 32 | -8 | 10 |
| 16 | Спартак Владикавказ | 19 | 1 | 5 | 13 | 14 | 40 | -26 | 8 |
| Другий дивізіон - Центр | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Динамо Брянськ | 17 | 12 | 3 | 2 | 28 | 11 | 17 | 39 |
| 2 | Металург Липецьк | 17 | 11 | 4 | 2 | 30 | 9 | 21 | 37 |
| 3 | Сокол Саратов | 17 | 11 | 4 | 2 | 37 | 10 | 27 | 37 |
| 4 | Салют Білгород | 17 | 8 | 2 | 7 | 23 | 23 | 0 | 26 |
| 5 | Хімік-Арсенал | 17 | 7 | 5 | 5 | 27 | 20 | 7 | 26 |
| 6 | ФК Рязань | 17 | 6 | 6 | 5 | 29 | 26 | 3 | 24 |
| 7 | Зорки Красногорськ | 16 | 7 | 2 | 7 | 31 | 32 | -1 | 23 |
| 8 | Арарат Москва | 17 | 7 | 2 | 8 | 34 | 36 | -2 | 23 |
| 9 | Калуга | 17 | 6 | 4 | 7 | 24 | 23 | 1 | 22 |
| 10 | Сатурн Раменське | 17 | 5 | 7 | 5 | 32 | 32 | 0 | 22 |
| 11 | Хімки 2 | 17 | 5 | 3 | 9 | 23 | 32 | -9 | 18 |
| 12 | Строгіно | 17 | 5 | 2 | 10 | 15 | 28 | -13 | 17 |
| 13 | Квант Обнінськ | 17 | 2 | 2 | 13 | 8 | 40 | -32 | 8 |
| 14 | Ротор Волгоград II | 16 | 2 | 2 | 12 | 14 | 33 | -19 | 8 |
| Другий дивізіон - Урал-Приволжжя | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Акрон Тольятті | 17 | 12 | 2 | 3 | 29 | 16 | 13 | 38 |
| 2 | ФК Челябінськ | 17 | 11 | 3 | 3 | 34 | 17 | 17 | 36 |
| 3 | Урал II | 17 | 11 | 2 | 4 | 34 | 16 | 18 | 35 |
| 4 | Камаз | 17 | 10 | 2 | 5 | 37 | 23 | 14 | 32 |
| 5 | Лада СОК | 17 | 7 | 3 | 7 | 19 | 18 | 1 | 24 |
| 6 | Носта | 17 | 6 | 4 | 7 | 23 | 26 | -3 | 22 |
| 7 | Звєзда Перм | 17 | 6 | 4 | 7 | 20 | 20 | 0 | 22 |
| 8 | Волга Ульяновськ | 17 | 6 | 2 | 9 | 19 | 26 | -7 | 20 |
| 9 | Зеніт Іжевськ | 17 | 5 | 3 | 9 | 27 | 27 | 0 | 18 |
| 10 | Тюмень | 17 | 7 | 5 | 5 | 25 | 21 | 4 | 14 |
| 11 | Лада Тольятті | 17 | 3 | 1 | 13 | 12 | 47 | -35 | 10 |
| 12 | ФК Уфа II | 17 | 1 | 3 | 13 | 17 | 39 | -22 | 6 |