| Прем’єр Ліга | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Зеніт Санкт-Петербург | 7 | 5 | 1 | 1 | 13 | 4 | 9 | 16 |
| 2 | Сочі | 7 | 4 | 3 | 0 | 10 | 6 | 4 | 15 |
| 3 | Спартак Москва | 7 | 4 | 2 | 1 | 11 | 8 | 3 | 14 |
| 4 | ЦСКА Москва | 7 | 4 | 1 | 2 | 13 | 7 | 6 | 13 |
| 5 | Динамо Москва | 7 | 3 | 2 | 2 | 6 | 4 | 2 | 11 |
| 6 | Рубін Казань | 7 | 3 | 2 | 2 | 11 | 9 | 2 | 11 |
| 7 | ФК Краснодар | 7 | 3 | 2 | 2 | 10 | 4 | 6 | 11 |
| 8 | Ростов | 7 | 3 | 2 | 2 | 4 | 5 | -1 | 11 |
| 9 | Ахмат | 7 | 3 | 1 | 3 | 8 | 10 | -2 | 10 |
| 10 | Локомотив Москва | 7 | 2 | 3 | 2 | 7 | 6 | 1 | 9 |
| 11 | Урал | 7 | 2 | 3 | 2 | 6 | 6 | 0 | 9 |
| 12 | ФК Тамбов | 7 | 2 | 1 | 4 | 7 | 10 | -3 | 7 |
| 13 | ФК Уфа | 7 | 1 | 2 | 4 | 5 | 13 | -8 | 5 |
| 14 | Арсенал Тула | 7 | 1 | 2 | 4 | 7 | 11 | -4 | 5 |
| 15 | Химки | 7 | 0 | 3 | 4 | 5 | 11 | -6 | 3 |
| 16 | ФК Ротор Волгоград | 7 | 0 | 2 | 5 | 3 | 12 | -9 | 2 |
| Перший дивізіон | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Оренбург | 7 | 6 | 1 | 0 | 10 | 2 | 8 | 19 |
| 2 | Нафтохімік | 7 | 4 | 2 | 1 | 8 | 2 | 6 | 14 |
| 3 | Балтика | 7 | 4 | 2 | 1 | 8 | 4 | 4 | 14 |
| 4 | Велес Москва | 7 | 4 | 2 | 1 | 9 | 9 | 0 | 14 |
| 5 | ФК Єнісей Красноярськ | 7 | 4 | 2 | 1 | 12 | 9 | 3 | 14 |
| 6 | Спартак Москва II | 6 | 4 | 1 | 1 | 12 | 5 | 7 | 13 |
| 7 | Торпедо Москва | 7 | 3 | 3 | 1 | 15 | 6 | 9 | 12 |
| 8 | Динамо Брянськ | 6 | 4 | 0 | 2 | 5 | 2 | 3 | 12 |
| 9 | SKA-Khabarovsk | 7 | 4 | 0 | 3 | 10 | 10 | 0 | 12 |
| 10 | Нижній Новгород | 7 | 3 | 1 | 3 | 6 | 7 | -1 | 10 |
| 11 | Крилья Совєтов Самара | 7 | 3 | 1 | 3 | 10 | 7 | 3 | 10 |
| 12 | Аланія | 7 | 3 | 1 | 3 | 12 | 10 | 2 | 10 |
| 13 | ФК Краснодар II | 7 | 3 | 1 | 3 | 8 | 10 | -2 | 10 |
| 14 | Текстильник | 7 | 2 | 4 | 1 | 7 | 6 | 1 | 10 |
| 15 | Chayka | 7 | 2 | 3 | 2 | 6 | 10 | -4 | 9 |
| 16 | Акрон Тольятті | 7 | 2 | 1 | 4 | 4 | 6 | -2 | 7 |
| 17 | Чертаново Москва | 7 | 2 | 0 | 5 | 5 | 11 | -6 | 6 |
| 18 | Шинник Ярославль | 7 | 1 | 2 | 4 | 4 | 8 | -4 | 5 |
| 19 | ФК Волгарь | 7 | 1 | 1 | 5 | 7 | 10 | -3 | 4 |
| 20 | Факел | 7 | 1 | 1 | 5 | 4 | 10 | -6 | 4 |
| 21 | Томь | 7 | 0 | 2 | 5 | 2 | 9 | -7 | 2 |
| 22 | Іртиш | 7 | 0 | 1 | 6 | 3 | 14 | -11 | 1 |
| Другий дивізіон - Захід | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Велес Москва | 16 | 11 | 3 | 2 | 34 | 13 | 21 | 36 |
| 2 | ФК Долгопрудний | 17 | 11 | 2 | 4 | 29 | 16 | 13 | 35 |
| 3 | Зеніт Санкт-Петербург II | 17 | 9 | 5 | 3 | 30 | 14 | 16 | 32 |
| 4 | Торпедо Володимир | 17 | 8 | 6 | 3 | 23 | 17 | 6 | 30 |
| 5 | Ленінградець | 17 | 7 | 7 | 3 | 27 | 20 | 7 | 28 |
| 6 | Олімп Химки | 16 | 7 | 5 | 4 | 18 | 15 | 3 | 26 |
| 7 | Муром | 16 | 7 | 3 | 6 | 31 | 23 | 8 | 24 |
| 8 | Родіна | 17 | 6 | 4 | 7 | 27 | 31 | -4 | 22 |
| 9 | Псков 747 | 16 | 6 | 3 | 7 | 15 | 26 | -11 | 21 |
| 10 | Lokomotiv-Kazanka Moscow | 16 | 4 | 5 | 7 | 26 | 27 | -1 | 17 |
| 11 | Знамя | 17 | 3 | 6 | 8 | 14 | 23 | -9 | 15 |
| 12 | Коломна | 17 | 4 | 3 | 10 | 15 | 24 | -9 | 15 |
| 13 | Луки-Энергия | 16 | 3 | 4 | 9 | 15 | 29 | -14 | 13 |
| 14 | Зірка Санкт-Петербург | 17 | 2 | 0 | 15 | 9 | 35 | -26 | 6 |
| Другий дивізіон - Схід | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Іртиш | 11 | 9 | 2 | 0 | 21 | 4 | 17 | 29 |
| 2 | Сахалін | 12 | 5 | 3 | 4 | 15 | 16 | -1 | 18 |
| 3 | Новосибірський ФК | 12 | 5 | 2 | 5 | 16 | 16 | 0 | 17 |
| 4 | ФК Чита | 12 | 4 | 3 | 5 | 13 | 12 | 1 | 15 |
| 5 | Динамо Барнаул | 11 | 3 | 2 | 6 | 8 | 15 | -7 | 11 |
| 6 | ФК Зеніт-Радіан Іркутськ | 12 | 3 | 0 | 9 | 6 | 16 | -10 | 9 |
| Другий дивізіон - Південь | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | ФК Волгарь | 19 | 16 | 2 | 1 | 45 | 7 | 38 | 50 |
| 2 | Аланія | 19 | 15 | 1 | 3 | 54 | 13 | 41 | 46 |
| 3 | Дружба | 19 | 10 | 4 | 5 | 29 | 26 | 3 | 34 |
| 4 | Чорноморець | 19 | 10 | 3 | 6 | 40 | 22 | 18 | 33 |
| 5 | Легіон Динамо | 19 | 7 | 6 | 6 | 18 | 21 | -3 | 27 |
| 6 | Динамо Ставрополь | 19 | 8 | 3 | 8 | 31 | 25 | 6 | 27 |
| 7 | ФК Махачкала | 19 | 7 | 5 | 7 | 19 | 24 | -5 | 26 |
| 8 | СКА Ростов-на-Дону | 19 | 7 | 5 | 7 | 25 | 25 | 0 | 26 |
| 9 | Біолог-Новокубанск | 19 | 7 | 5 | 7 | 20 | 22 | -2 | 26 |
| 10 | Машук-КМВ | 19 | 6 | 6 | 7 | 22 | 17 | 5 | 24 |
| 11 | Урожай | 19 | 5 | 5 | 9 | 22 | 37 | -15 | 20 |
| 12 | Інтер Черкеськ | 19 | 5 | 5 | 9 | 24 | 38 | -14 | 20 |
| 13 | Спартак Нальчик | 19 | 4 | 7 | 8 | 18 | 37 | -19 | 19 |
| 14 | Краснодар 3 | 19 | 5 | 3 | 11 | 19 | 38 | -19 | 18 |
| 15 | Анжи Махачкала | 19 | 3 | 7 | 9 | 24 | 32 | -8 | 10 |
| 16 | Спартак Владикавказ | 19 | 1 | 5 | 13 | 14 | 40 | -26 | 8 |
| Другий дивізіон - Центр | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Динамо Брянськ | 17 | 12 | 3 | 2 | 28 | 11 | 17 | 39 |
| 2 | Металург Липецьк | 17 | 11 | 4 | 2 | 30 | 9 | 21 | 37 |
| 3 | Сокол Саратов | 17 | 11 | 4 | 2 | 37 | 10 | 27 | 37 |
| 4 | Салют Білгород | 17 | 8 | 2 | 7 | 23 | 23 | 0 | 26 |
| 5 | Хімік-Арсенал | 17 | 7 | 5 | 5 | 27 | 20 | 7 | 26 |
| 6 | ФК Рязань | 17 | 6 | 6 | 5 | 29 | 26 | 3 | 24 |
| 7 | Зорки Красногорськ | 16 | 7 | 2 | 7 | 31 | 32 | -1 | 23 |
| 8 | Арарат Москва | 17 | 7 | 2 | 8 | 34 | 36 | -2 | 23 |
| 9 | Калуга | 17 | 6 | 4 | 7 | 24 | 23 | 1 | 22 |
| 10 | Сатурн Раменське | 17 | 5 | 7 | 5 | 32 | 32 | 0 | 22 |
| 11 | Хімки 2 | 17 | 5 | 3 | 9 | 23 | 32 | -9 | 18 |
| 12 | Строгіно | 17 | 5 | 2 | 10 | 15 | 28 | -13 | 17 |
| 13 | Квант Обнінськ | 17 | 2 | 2 | 13 | 8 | 40 | -32 | 8 |
| 14 | Ротор Волгоград II | 16 | 2 | 2 | 12 | 14 | 33 | -19 | 8 |
| Другий дивізіон - Урал-Приволжжя | Ігри | Вигр. | Нічиї | Прог. | Мячі | Різн. | Очки | ||
| 1 | Акрон Тольятті | 17 | 12 | 2 | 3 | 29 | 16 | 13 | 38 |
| 2 | ФК Челябінськ | 17 | 11 | 3 | 3 | 34 | 17 | 17 | 36 |
| 3 | Урал II | 17 | 11 | 2 | 4 | 34 | 16 | 18 | 35 |
| 4 | Камаз | 17 | 10 | 2 | 5 | 37 | 23 | 14 | 32 |
| 5 | Лада СОК | 17 | 7 | 3 | 7 | 19 | 18 | 1 | 24 |
| 6 | Носта | 17 | 6 | 4 | 7 | 23 | 26 | -3 | 22 |
| 7 | Звєзда Перм | 17 | 6 | 4 | 7 | 20 | 20 | 0 | 22 |
| 8 | Волга Ульяновськ | 17 | 6 | 2 | 9 | 19 | 26 | -7 | 20 |
| 9 | Зеніт Іжевськ | 17 | 5 | 3 | 9 | 27 | 27 | 0 | 18 |
| 10 | Тюмень | 17 | 7 | 5 | 5 | 25 | 21 | 4 | 14 |
| 11 | Лада Тольятті | 17 | 3 | 1 | 13 | 12 | 47 | -35 | 10 |
| 12 | ФК Уфа II | 17 | 1 | 3 | 13 | 17 | 39 | -22 | 6 |